Stosowanie oleju lnianego w okresie ciąży i karmienia wpływa na prawidłową budowę kory mózgowej płodu i niemowlęcia, ponieważ odpowiada za tworzenie się synaps między neuronami. U dzieci wpływa korzystnie na proces uczenia się i zapobiega zaburzeniom zachowania (ADHD).
Nienasycone kwasy tłuszczowe regenerują układ nerwowy, są składnikiem budulcowym neuronów i białej istoty mózgu, a także uczestniczą w mielinizacji włókien nerwowych, przez co poprawiają pamięć i koncentrację. Zapobiegają procesom zwyrodnienia plamki żółtej, obniżają ciśnienie śródgałkowe i pomagają przy leczeniu jaskry.
Olej lniany można stosować leczniczo w stanach drętwienia i mrowienia kończyn. Zmniejsza ryzyko choroby Alzheimera, pomaga w leczeniu choroby Parkinsona.